Mehmet Bey Türbesi, müze ana binasının (Kubbe-i Hadrâ)’nın güneydoğu köşesindedir. Kare mekânlıdır. Türbenin kubbesi dört adet mermer sütun üzerine dayanan, dört adet sivri kemer üzerinde yer alır. Kemerler birbirlerine, kalın ahşap kirişlerle bağlanmıştır.
Dört yanı da açık olan türbenin gövdesi, kesme taşlarla yapılmıştır. Türbenin üzerinde yer alan kubbesi, sekizgen bir kasnakla çevrilmiş olup, kubbenin içi kireç harçla sıvalıdır.
Kubbenin zemini önce kesme taşla döşenilmiş, sonra Mehmet Bey’e ait sarımtırak renkli mermerden yapılan sandukası buraya konulmuştur. Sanduka sade, ancak çok güzel ve işçiliklidir.
Sandukasının üzerinde yazan Arapça kitabesinin Türkçe’ye çevirisi şöyledir:
“Mustafa Paşa oğlu, Allahnın rahmetini isteyen Mehmet Bey, 941 yılında hakkın rahmetine ulaştı”
941 H – 1535 M yılında ölen Mehmet Paşanın kimliği kesin olarak bilinmemektedir. Ancak Pîri Mehmet Paşa’nın da damadı olan Mehmet Bey’in, Bosnalı Çoban Mustafa Paşanın oğlu olması ihtimali oldukça kuvvetlidir.
